Quando os especialistas da OPAQ finalmente chegaram ao lugar do incidente, avançou o ministério russo, eles se recusaram a recolher amostras. Moscou suspeita de ter havido "sabotagem" no trabalho dos investigadores.
Além disso, segundo Moscou, o relatório da organização contém expressões como "supostamente", "provavelmente", o que significa que os dados do documento podem ser questionados.
O relatório da OPAQ atribuiu a culpa pelo ataque químico em Idlib ao governo sírio, baseando-se em três argumentos: o fato da bomba com o gás sarin ter sido lançada sobre Khan Shaykhun pela aviação militar síria; fotos e vídeos do lugar; análise do gás sarin.
Segundo os resultados da investigação russa, um avião sírio estava realmente na área, mas a cinco quilômetros do lugar do incidente e não poderia ter lançado a bomba dadas suas características técnicas. As testemunhas também não viram nenhum avião sobre Khan Shaykhun, afirmou um representante do Ministério da Defesa russo.
Ainda de acordo com o ministério, a cratera da bomba mostra que a munição que atingiu Khan Shaykhun explodiu em terra.
Especialistas em química russos, por sua vez, referiram que as afirmações sobre as caraterísticas únicas do sarin são infundadas. Segundo as fotos mostrando voluntários dos Capacetes Brancos, eles tocaram a alegada arma química com as mãos, sem proteção. Se fosse sarin, eles teriam morrido.
Em conclusão, o diplomata russo disse que todos os dados do relatório provaram ser falsos por Moscou.
Em 4 de abril, a oposição síria comunicou existirem 80 vítimas e 200 feridos de um ataque com o uso de armas químicas na cidade de Khan Shaykhun, na província de Idlib, atribuindo a responsabilidade pelo acontecido às tropas governamentais sírias que, em resposta, rejeitaram todas as acusações e culparam os militantes e seus patrocinadores por este ataque.
Mais tarde, em 20 de junho, a Organização para a Proibição de Armas Químicas (OPAQ) informou que sua missão tinha confirmado que em Khan Shaykhun, na província de Idlib, foi usado gás sarin, gás utilizado como arma química, sem especificar quem foi o responsável. Nenhum dos peritos da missão da OPAQ e do Mecanismo Conjunto da OPAQ e ONU visitou o lugar do incidente.
