Com a nova função, o cargo de liderança no Senado deverá ir para Romero Jucá (PMDB), citado na Operação Lava-Jato.
Em fevereiro do ano passado, ele foi incluído em um inquérito conduzido pelo ministro do STF, Celso de Mello, por supostos crimes eleitorais envolvendo o grupo empresarial UTC. Ao lado de Alozio Mercadante, o tucano é acusado de crimes de corrupção passiva, falsidade ideológica eleitoral e de lavagem de dinheiro.
Na área de Relações Exteriores, Nunes participou de uma comitiva tucana na Venezuela em junho de 2015. Na ocasião, ele, o senador Aécio Neves (PSDB) e outros colegas foram ao país vizinho visitar o preso político Leopoldo López, oposicionista acusado por Nicolás Maduro de "incitar a violência" em protestos contra o governo. O grupo foi encurralado e o carro onde estavam, apedrejado.
Nunes também presidiu Comissão de Relações Exteriores do Senado. Foi também um dos principais defensores do diplomata Eduardo Saboia, responsável por um estranhamento diplomático ao conduzir a fuga do senador boliviano Roger Pinto Molina da embaixada do Brasil em 2013. Com a benção de Aloysio, Saboia foi promovido em dezembro no Itamaraty a ministro de primeira classe.
